Terapi Penyakit

Bekerja di "lab kering"
Pengalaman Drs. A.J. Budi Utama, Apt, Ph.D., staf peneliti pada Lembaga Eijkman mungkin bisa menggambarkan bagaimana bioinformatika sangat membantu pekerjaannya dalam menemukan peranan, suatu gen terhadap kelainan atau penyakit tertentu, sebelum akhirnya menemukan obat yang cespleng untuk mengatasinya. Berkat jasa ilmu baru ini, alumnus Institut Teknologi Bandung ini berhasil menemukan apa yang dinamai Nrap (Nucleolar RNA-Associated Protein); yaitu protein dalam anak inti nukleolus). Selain penting bagi kehidupan sel Nrap mengambil peranan yang berkaitan dengan sederet fungsi lain termasuk urusan sintesis (pembuatan) protein, Namun, ia juga herperan atas timbulnya penyakit Parkinson dan plak ateros-korosis.
Seperti halnya peneliti lain, yang sebelumnya ia memulai pekerjaannya itu dengan mengisolasi DNA (memisahkan DNA dan komponen lain dalam jaringan) pada hewan percobaan tikus. Teknik yang dia gunakan adalah teknik isolasi DNA biasa, yaitu polymerase chain reaction (PCR). Hasilnya berupa deretan huruf A, C, T, dan G, yang merupakan urutan basa (sekuens) DNA.
Dulu, sebelum dibantu komputer, jika sekuens DNA sudah diperoleh, ada serangkaian proses yang harus dilakukan, demi untuk mengetahui fungsi sel. Setelah dilakukan analisis lanjutan, misalnya dengan mengaitkan fungsi sel dan gejala klinis, baru diketahui pe­ranan bagian DNA itu terhadap suatu kelainan atau penyakit. Misalnya, daerah itu ternyata bertanggung jawab membentuk antibodi saat terjadi infeksi.
Berkat bioinformatika, proses lanjutan itu bisa dipersingkat. Di Internet terdapat sejumlah situs yang menyediakan bank data (data base) serta "alat" berupa program atau software. Salah satunya, situs National Center for Biotechnology Information (NCBI), yang saat ini menjadi bank data raksasa. NCBI boleh dibilang semacam perpustakaan superlengkap. Di dalamnya tersimpan semua publikasi ilmiah hasil penelitian biomolekuler dan berbagai lembaga peneliti­an di segala penjuru dunia.
Lewat fasilitas "pencari" yang disediakan NCBI, Budi Utama memilih program yang tersedia dalam Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) terutama untuk mengetahui apakah se­kuens DNA temuannya mengandung suatu gen baru, Setelah urutan basa DNA hasil isolasi di lab tadi dimasukkan (di-input) ke dalam program itu, dalam hitungan detik keluarlah hasilnya, yaitu suatu gen baru yang tidak dikenali oleh program komputer.
"Secara manual di laborato­rium, untuk mencari fungsi satu gen dengan struktur genom dan teknik analisis sel setidaknya butuh waktu satu bulan." Padahal, yang akan di-input sekitar 5.000 kandidat gen. Meski kenyataannya tak semua gen dianggap fungsional, proses panjang itu wajib dilalui. Namun, berkat teknologi informasi (komputer dan in­ternet), proses panjang itu bisa dipersingkat,
Lewat fasilitas pencari pada situs NCBI, misalnya, juga dapat ditemukan program atau soft-ware dalam BLAST untuk mengetahui jenis protein yang diekspresikan oleh gen yang di-input tadi. Kalau jenis protein yang dibentuk oleh gen itu su-
dah ada di bank data NCBI, struktur tiga dimensi protein da pat ditampilkan. Setelah struktu: dimensi protein didapatkan dan fungsinya bisa diperkirakan, pekerjaan dilanjutkan kembali di laboratorium biasa (wet lab alias "lab basah").